GNUnet lässt sich in erster Linie als Baukasten mit einer Vielzahl technischer Lösungen zur Gestaltung sicherer Netzwerkanwendungen beschreiben. GNUnet möchte eine Antwort auf die Frage geben, wie ein modernes Internet für eine sozial-liberale Gesellschaft aussehen sollte. Dazu wird akademisch geforscht und an der konkreten Implementierung gearbeitet.

GNUnet stellt einerseits Module, die eine sichere Lösung für ein abstraktes Problem (beispielsweise Verschlüsselung, Kommunikation, Datenspeicherung und Namensvergabe) ermöglichen, bereit und andererseits konkrete Anwendungen, die direkt für die Nutzer konzipiert sind. Dabei sind Datenschutz und Dezentralisierung die Kernanforderungen an alle entwickelten Komponenten.

Zu den bestehenden drei Anwendungen (Datentransfer, Telefon und soziale Netzwerke) kam in 2015 mit dem Bezahlsystem „GNU Taler“ ein weiteres Anwendungsgebiet hinzu, welches jedoch aufgrund seiner Signifikanz als eigenständiges Projekt behandelt wird.